最近気づいたことです。
テスト環境などで、BASIC認証等を設定する事があるのですが、
そのサイトに、Let’s Encrypt （無料SSL）を設定する場合は
一旦、BASIC認証を外してから（または初期段階で）、SSL申請を行っていました。

SSL証明書を更新する場合、テスト環境を少しの間、
認証を外した状態にしていたのですが（問題ありますよね）
「こんなに面倒くさいのかな？」
と最近思いました。

何気に、「let’s encrypt basic認証」でググってみると回答がありました。

.well-known/acme-challenge/
に、.htaccessをおいて以下を記載する。

簡単なのに、気づかなかったです。

頭が固いのか、悪いのか、自頭力が低いようです。